Nguyên quán Mạc Mậu Hợp là người xã Cao Đôi, huyện Bình Hà (nay là thôn Long Động, xã Nam Tân, huyện Nam Sách, tỉnh Hải Dương). Ông sinh năm 1560, là con trưởng của Mạc Tuyên Tông[2].

Do Mạc Tuyên Tông bị bệnh đậu mùa mất khi Mạc Mậu Hợp mới lên 2 tuổi đã được Khiêm vương Mạc Kính Điển là phụ chính đưa lên ngôi tháng 1 năm 1562. Lúc này triều chính vẫn do hai ông chú là Mạc Kính Điển và Mạc Đôn Nhượng phụ tá. Mậu Hợp lên ngôi lấy niên hiệu là Thuần Phúc thứ nhất.

Khiêm Vương phụ chính

Lợi dụng cái chết của Mạc Tuyên Tông, con nối ngôi còn thơ dại, còn Mạc Kính Điển, một đại thần trụ cột của triều Mạc đã cao tuổi, phía Lê–Trịnh Nam triều lại liên tiếp mở những cuộc tấn công vào các vùng Trường Yên, Yên Sơn Nam. Kính Điển lại phải thân chinh đốc binh mã chống Lê–Trịnh. Kính Điển tổ chức những trận đánh thọc sâu vào Thanh Hoa (tên cũ của Thanh Hóa) buộc Thái sư phụ chính của Nam triều là Trịnh Kiểm phải lui quân về giữ Tây Đô (Thanh Hóa). Tháng 9 năm 1566, Trịnh Kiểm lại xuất quân đánh vào vùng Tây Nam. Tháng 7 năm 1567, Trịnh Kiểm lại thúc quân đánh vào vùng Sơn Nam cướp thóc lúa nhưng bị Kính Điển đánh mạnh lại phải lui quân về Thanh Hoa. Cuối năm đó, Trịnh Kiểm ốm nặng, phải trao quyền cho con là Trịnh Cối và Trịnh Tùng nối giữ chức Thái Quốc công giúp Lê Anh Tông và giao Nguyễn Hoàng trấn thủ cả Thuận Hóa và Quảng Nam.[3]

Đầu năm 1570, Trịnh Kiểm chết, anh em Trịnh Cối và Trịnh Tùng tranh quyền. Thấy triều Lê Anh Tông lục đục, quan Bố Chính là Lập quận công Mạc Lập Bạo đem quân về đầu hàng Mạc Mậu Hợp. Mạc Kính Điển nhân thế đem hơn 10 vạn quân đánh thẳng vào Thanh Hoa, cuộc tấn công Lê - Trịnh lúc này của nhà Mạc kéo dài suốt năm 1570 nhưng vẫn chưa phân thắng bại. Trước thế tấn công quyết liệt của Mạc Kính Điển, bị kẹp giữa quân Mạc và quân Trịnh Tùng, Trịnh Cối không chống nổi, liền đem vợ con cùng nhiều tướng lĩnh khác của triều Lê Anh Tông chạy về với nhà Mạc. Trịnh Tùng cầm quân Nam triều cầm cự được với quân Mạc. Cuối năm 1570, Kính Điển vì thiếu lương lại rút quân về Đông Kinh. Lúc này Lê Anh Tông phải trao quyền binh cho Trịnh Tùng và đưa Tùng lên chức Thái úy Trưởng Quốc công vào năm 1571.[4][5]

Nam triều lúc bấy giờ chỉ giữ được mỗi Thanh Hóa, Kính Điển đem binh vào đánh Nghệ An nên phía nam sông Lam trở vào Quảng Nam đều thuộc nhà Mạc.[6] Tuy nhiên, nhà Mạc sau đó đánh mất Thuận Hóa, Quảng Nam vì xa cách nên không thể cứu ứng, tướng Mạc Lập Bạo gặp phải địch thủ lớn là Nguyễn Hoàng bị thua trận chết.[7] Mặc dù Nguyễn Quyện và Hoàng quận công Mạc Đăng Lượng đánh thắng quân Lê nhiều lần ở Nghệ An nhưng vì địa thế cách trở, xa Đông Kinh ở Bắc Bộ không tiếp ứng được nên cuối cùng quân chủ lực của Mạc lại phải rút đi, quân Mạc lại yếu thế trước quân Trịnh. Lê-Trịnh được yên phía nam nhờ sức của Nguyễn Hoàng. Nhà Mạc mất hẳn phía nam và chỉ còn kiểm soát Bắc Hà. Trong những năm tiếp theo, Mạc Kính Điển nhiều lần nam tiến nhưng không thu lại được kết quả gì.[8]

Tháng 10 năm 1580, Mạc Kính Điển lâm bệnh mất sau 34 năm phụ chính (1547-1580) cho các ấu chúa nhà Mạc.[9]